Vznik Vodňan přináleží až do 2. poloviny 13. století. Město bylo teprve od 14. století postupně opevněno kamennými hradbami, do kterých se původně vstupovalo třemi branami – Týnskou (Budějovickou), Píseckou a Bavorovskou. Nad branami se tyčily hranolové věže v duchu soudobého stavitelství. Provozem a ostrahou každé z nich byl pověřen branný. Později byla vybudována čtvrtá tzv. Nová brána. Všechny vodňanské brány byly ale zbořeny již před rokem 1840 z důvodu lepšího přístupu do města. Původní opevnění se skládalo z prosté hradební zdi, parkánu, příkopu a valu po celém obvodu vnitřního sídelního prostoru. Výstavba hradeb probíhala jistě poměrně dlouhou dobu a datace jednotlivých dochovaných částí se může značně lišit. Teprve pozorná prohlídka obvodové zdi a příkopu s parkánem, a to především na jižní a západní straně města, odkrývá až překvapivý rozsah zachovaného hradebního systému.
Městu se však často nedostávalo finančních prostředků na jeho opravu a zvláště na jeho modernizaci. Tato nevýhoda pro obránce Vodňan v minulosti se stala předností dochované středověké památky v současnosti. Poslední významné stavební proměny proběhly již v 15. a v 1. polovině 16. století. Bezesporu se díky tomu jedná o významnou historickou památku středověkého stavitelství v jižních Čechách i v širším kontextu České republiky, dosud veřejností opomíjenou.
První písemné doklady o Vodňanech pocházejí ze 14. století. Ve stejné době byly v hradbách vystavěny také obranné hranolové věže, zvané bašty. Do dnešní doby se zachovaly čtyři. Pouze jižní bašta přináleží do majetku Města Vodňany. Volný prostor kolem ní je využíván jako školní dvůr. V roce 2010 byla věž Městem Vodňany opravena. Jihočeský kraj v roce 2015 finančně podpořil vznik expozice „Vodňanské hradby – Dobytí města Janem Žižkou z Trocnova“ v jejím interiéru.