Důvodem ochrany je výskyt cenných společenstev, které poskytují vhodné hnízdiště pro mnoho druhů ptactva a slouží pro rozmnožování dalších živočišných druhů. V rámci ochrany je chráněn jak Řežabinecký rybník, přilehlé tůně vzniklé zaplavením starých děr po středověké těžbě. Samotný rybník vznikl na místě slatiny v bývalém korytě řeky Otavy v roce 1530 na popud pána hradu Zvíkov Kryštofa ze Švamberka. Postupně vodní plocha zarůstala litorálním porostem tvořeným převážně rákosem, až tento cenný porost pokryl přibližně 40 %.Nevhodné hospodářské zásahy, nadměrný chov ryb převážně v 70. a 80. letech 20. století měly za následek poškození chráněné lokality a vyhynutí řady druhů. Rozsah pokrytí rákosem poklesl na přibližně dnešních 15 %.
Od roku 2011 je rybník ve vlastnictví státu a ve správě Agentury pro ochranu krajiny ČR, která se snaží navrátit druhovou pestrost a minimalizovat negativní dopady člověka. Rybník se stal významnou ptačí oblastí, kde se vyskytuje přes 160 ptačích druhů, mnoho jich zde hnízdí a taktéž se zde nachází největší kolonie racka chechtavého (Chroicocephalus ridibundus) na území jižních Čech. Z těchto důvodů byla celá lokalita v roce 2004 vyhlášena ptačí oblastí soustavy Natura 2000. Oblast také figuruje na seznamu významných ptačích území.
